Республика является одним из крупнейших на Дальнем Востоке центров развития науки. Здесь расположены 22 научных учреждения разного профиля и ведомственной принадлежности.
- Якутский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук, который состоит из 8 научно-исследовательских институтов: Институт биологических проблем криолитозоны СО РАН, Институт горного дела Севера им. Н.В. Черского СО РАН, Институт мерзлотоведения им. П.И. Мельникова СО РАН, Институт космофизнческих исследований и аэрономии им. Ю.Г. Шафера СО РАН, Институт проблем нефти и газа СО РАН, Институт физико-технических проблем Севера СО РАН, Институт геологии алмаза и благородных металлов СО РАН, Институт гуманитарных исследований и проблем малочисленных народов СО РАН.
- Академия наук Республики Саха (Якутия);
- Центр арктической археологии и палеоэкологии Академии наук Республики Саха (Якутия);
- Якутский научно-исследовательский институт сельского хозяйства Сибирского отделения Россельхозакадемии;
- Якутский научный центр комплексных медицинских проблем Сибирского отделения Российской академии медицинских наук;
- институты Федерального агентства по образованию, в том числе Институт здоровья, Институт прикладной экологии Севера, Институт национальных школ Республики Саха (Якутия), Институт региональной экономики Севера, Институт математики при Северо-Восточном Федеральном Университете им. М.К. Аммосова;
- ведомственные и отраслевые институты: Якутский проектный научно исследовательский институт строительства при Министерстве строительства и промышленности строительных материалов Республики Саха (Якутия), Научно-практический центр «Фтизиатрия» Министерства здравоохранения Республики Саха (Якутия), Центр социальных проблем труда Министерства науки и профессионального образования Республики Саха (Якутия), Институт «Якутнипроалмаз» и Центральный научный геологоразведочный институт АК «АЛРОСА» (ЗАО).
Внушительный потенциал науки сосредоточен в крупных учреждениях вузовского сектора образования. В республике, по состоянию на конец 2010 года трудятся 406 докторов и 952 кандидата наук.
